استفاده از کشت های آغازگر پروبیوتیک در محصولات تخمیری و در جوامع مختلف درحال گسترش است. تنوع ژنتیکی باعث می شود اثرات این باکتری ها در جوامع مختلف انسانی، متفاوت وغیر قابل انتظار باشد. بنابراین کنترل ایمنی و ارزیابی عدم بیماریزایی آنها اهمیت بالایی دارد. لذا مراکز نظارتی ملزم به کنترل دقیق ایمنی باکتری های مورد استفاده در محصولات غذایی هستند. در این پژوهش دو سویه لاکتوباسیلوس جدا شده از محصولات لبنی استان های اردبیل (گردنه حیران) و خوزستان (شهرستان بهبهان، روستای حسین آباد) در ایران، براساس خواص بیوشیمایی ومولکولی از طریق آنالیز توالی S rRNA۱۶ شناسایی شده و سپس ایمنی آنها بر اساس دستورالعمل های بین المللی بخصوص استاندارد اتحادیه اروپا مورد بررسی قرار گرفت. دو سویه شناسایی شده شامل لاکتوباسیلوس فرمنتوم (PTCC۱۹۲۹) و لاکتوباسیلوس هلوتیکوس((PTCC۱۹۳۰ بودند. نتایج بدست آمده، فقدان آنزیم ژلاتیناز، عدم توانایی همولیز خون، عدم توانایی دکربوکسیلاسیون اسید های آمینه و همچنین عدم وجود هشت ژن موثر بر خواص تهاجمی میکروارگانیسم ها شامل gelE efaAfm, efaAfs, agg, ace, cylM, cylAو cylB را در باکتری های مورد بررسی نشان داد. علاوه برآن نتایج نشان دادند هر دو جدایه نسبت به آنتی بیوتیک های پنی سیلین، تتراسیکلین، آمپی_سیلین و ریفامپین حساس و نسبت به کانامایسین و سیپروفلوکساسین دارای مقاومت هستد. لاکتوباسیلوس فرمنتوم (PTCC۱۹۲۹) به ونکومایسین مقاوم، در حالیکه لاکتوباسیلوس هلوتیکوس((PTCC۱۹۳۰نسبت به آن حساس بود. از آنجا که موارد مقاومت به آنتی بیوتیک بر اساس گزارشات متعدد ذاتی هستند، لذا نتایج به دست آمده تایید کننده پتانسیل کاربرد دو سویه جداسازی شده به عنوان استارتر در محصولات لبنی تخمیری می باشد و لزوم به کار گیری روش های ارزیابی ایمنی باکتری های پروبیوتیک را تایید می نماید.